列入CITES（华盛顿公约）濒危等级： 附录Ⅰ生效年代： 1997

列入中国国家重点保护动物等级： 一级 生效年代： 1989

列入中国濒危动物红皮书等级： 濒危 生效年代： 1996

列入《世界自然保护联盟》（IUCN） 2013年濒危物种红色名录ver 3.1——极危（CR）。

在1980年，我国林业部门将海南斧头岭林区划作保护区，并开展了一系列的保护研究工作，使得海南黑冠长臂猿得以在这最后的一小片家园里休养生息。到了90年代初，虽然海南省全面停止了对天然林的砍伐，但除了霸王岭自然保护区还有不到7只海南黑冠长臂猿之外，其它地区的海南黑冠长臂猿由于得不到有效保护和种群数量过少，就都逐渐没有了踪迹。在随后的几年中，保护区的工作人员数次观察到雌猿怀孕和雌猿怀抱刚出生猿崽，由此累加，到2003年2月，应为4群24只。2000年活动于斧头岭下的B群共7只，其中两只成年母猿，一只老公猿，两只黑色公猿（其中一只可能是未成年的母猿）和两只小猿。到2001年这一群只剩下4只，两母一公和一小崽。减少的原因可能是分群；也可能是自然死亡，也可能是被猎人射杀了。

经过20多年的艰苦保护，海南黑冠长臂猿才又呈现恢复增长趋势。至2008年，海南黑冠长臂猿仅存于海南省霸王岭自然保护区这片面积只有2000公顷的热带山地雨林“孤岛”里，共四群18只，其中母猿6只，公猿和仔猿12只。